تأمین مالی پژوهش و فناوری یکی از ارکان اساسی اقتصاد دانش‌بنیان محسوب می‌شود. با این حال، سهم هزینه‌های تحقیق و توسعه از تولید ناخالص داخلی ایران در سال 2021 تنها 73/0 درصد بوده که بیانگر فاصله قابل توجه کشور با کشورهای پیشرو در حوزه نوآوری است. هدف این مقاله، تحلیل ساختاری و سیاستی نظام تأمین مالی پژوهش و فناوری در ایران است. این پژوهش از نظر هدف، کاربردی-توسعه‌ای و از حیث ماهیت، کیفی است. استراتژی پژوهش، تحلیل سیاستی کیفی با رویکرد تفسیری بوده و داده‌ها با استفاده از تحلیل مضمون و شبکه مضامین تحلیل شده‌اند. منابع داده شامل تحلیل محتوای اسناد بالادستی و مصاحبه‌های نیمه‌ساختاریافته با ۱۰ نفر از خبرگان تأمین مالی پژوهش و فناوری است. یافته‌ها نشان می‌دهد که نظام تأمین مالی پژوهش و فناوری در ایران با پنج دسته چالش شامل ضعف در برنامه‌ریزی و اولویت‌بندی استراتژیک، ناکارآمدی در ساختار اجرایی و فرآیندهای پژوهشی، ضعف در شفافیت و انحراف در تخصیص منابع پژوهشی، ضعف هماهنگی بین‌نهادی در تخصیص بودجه و کمبود و کاهش منابع مالی پژوهش‌های دولتی مواجه است. در پاسخ به این چالش‌ها، دوازده راهکار در دو سطح ساختاری و سیاستی شناسایی شد که مهم‌ترین آنها تقویت هم‌افزایی و مشارکت ذی‌نفعان، بازآرایی ترکیب هیأت‌های امنا با تأکید بر نقش بازیگران غیردولتی، تقویت استقلال مالی و مدیریتی دانشگاه‌ها، طراحی سازوکارهای تشویقی برای جذب سرمایه‌گذاری بخش خصوصی، بازطراحی نظام تخصیص اعتبارات مبتنی بر عملکرد و مأموریت‌گرایی، یکپارچه‌سازی سامانه‌های تقاضامحور پژوهشی، تنوع‌بخشی به روش‌های تأمین مالی، پیوند دانشگاه با صنعت و ایجاد نهاد تخصصی تأمین مالی پژوهش و فناوری است.